Базы данных и порталы по биологическим наукам. Печать

Открытый доступ.

1. SciGuide - электронный навигатор зарубежных и отечественных научных электронных ресурсов открытого доступа в Интернете. Навигатор ставит цель содействовать в поиске высококачественных научных ресурсов мирового уровня. URL: http://www.prometeus.nsc.ru/sciguide/page0600.ssi

2. Allen Brain Atlas. Портал Института Аллена. Содержит транскриптомные атласы мыши и человека. https://portal.brain-map.org/

3. Australian Plant Image Index. Указатель названий растений Австралии обеспечивает доступ к базе данных научных названий сосудистых растений, встречающихся в Австралии. https://www.anbg.gov.au/photo/index.html

4. Biodiversity Heritage Library. Консорциум 12 естественнонаучных и ботанических библиотек, которые сотрудничают, чтобы перевести в цифровую форму и сделать доступной традиционную литературу по биоразнообразию, содержащуюся в их коллекциях, и сделать эту литературу доступной для открытого доступа. https://portal.brain-map.org/

5. BOLD. Генетическая база данных BOLD (Barcode of Life Database), в которой представлена информация о ДНК-штрихкодах живых организмов из различных таксономических групп, пополняющаяся исследователями из разных регионов мира. Система BOLD также предоставляет возможность построения филогенетических деревьев с учетом последовательностей, имеющихся в базе. v4.boldsystems.org

6. Brenda. Самый полный репозиторий по ферментам. Это электронный ресурс, содержащий молекулярную и биохимическую информацию о ферментах, классифицированных IUBMB. Каждый классифицированный фермент характеризуется катализированной биохимической реакцией. Подробно описаны кинетические свойства соответствующих реагентов. brenda-enzymes.info

7. Cancer GeneticsWeb. Сайт предоставляет каталог ссылок на ресурсы о генах, протеинах, генетических мутациях, связанных с раком и др. заболеваниями. www.cancerindex.org

8. Catalogue of Life. Каталог, включающий все известные специалистам виды живых существ. www.catalogueoflife.org

9. CBS-KNAW culture collection. Одна из крупнейших в мире коллекций культур, созданная CBS Fungal Biodiversity Centre, Голландия, содержащая более ста тысяч штаммов гриба и бактерий. wi.knaw.nl

10. Complete Work of Charles Darwin Online. Подготовленные историком науки доктором Джоном ван Вие (колледж Тембусу университета Cингапура) работы Дарвина, находящиеся в свободном доступе. darwin-online.org.uk

11. eBird. Цель сайта - обеспечить доступность сообщений о ежегодных наблюдениях за птицами как любителями, так и профессионалами. База содержит более 4 млн отчетов о наблюдениях за птицами северной Америки. ebird.org

12. Ensembl. Геномный браузер. Основной задачей этого проекта является обеспечение специалистов интегрированным доступом к базам данных, касающихся строения геномов более 50 видов позвоночных, включая человека, мышь, крысу, рыбку Данио-рерио и др. www.ensembl.org/index.html

13. EURExpress. EURExpress - атлас экспрессии генов в мышином зародыше (общеевропейский проект). www.eurexpress.org

14. European Bioinformatics Institute. Портал Европейского института биоинформатики - подразделения Европейской Лаборатории молекулярной биологии (EMBL). Предоставляет информацию о биологических экспериментах, а также доступ к нескольким молекулярным базам данных. www.ebi.ac.uk

15. ExPASy. Портал SIB Bioinformatics Resource, который предоставляет доступ к базам данных и ресурсам по различным отраслям биологических наук, включая протеомику, геномику, филогению, системную биологию, популяционную генетику, транскриптомику и т.д. www.expasy.org

16. Fungal databases - nomenclature and species banks. Базы данных по грибам, поддерживаемые Международной микологической ассоциацией. www.mycobank.org

17. Fungal Genetics Stock Center. . База данных открытого репозитория по генетике грибов. www.fgsc.net

18. GBIF (Global Biodiversity Information Facility). GBIF—the Global Biodiversity Information Facility – крупнейшая база данных по биоразнообразию, содержащая записи, начиная от бактерий до синих китов. База данных глобального биоразнообразия агрегирует информацию биологических коллекций и систематизирует её по единым стандартам и протоколам. Интеграция в глобальную базу данных делает локальную информацию доступной для исследователей со всего мира. GBIF содержит данные от 1124 научных организаций. www.gbif.org

19. GBIF Registry of Scientific Collections. Интегрированный ресурс по биологическим коллекциям музеев, гербариям и другим биорепозиториям. www.grbio.org

20. GenAtlasСпециализированная база данных по структуре, экспрессии и функциям генов, генным мутациям. Предоставляет возможность произвести поиск по известному гену или фенотипу. www.genatlas.medecine.univ-paris5.fr

21. IntAct Molecular Interaction Database. База данных для хранения и анализа информации по белковым взаимодействиям. Интерфейс обеспечивает возможность получения текстовых и графических представлений белковых взаимодействий и позволяет изучение взаимодействия сетей в контексте аннотаций GO по взаимодействующим белкам. www.ebi.ac.uk/intact/

22. Interactive list of biological databases. Каталог биологических баз данных широкой тематики, подготовленный коллективом журнала Nucleic Acids Research. www.oxfordjournals.org

23. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Веб-ресурс, объединяющий ряд биологических баз данных, где собрана геномная, химическая, функциональная и пр. информация, и предназначенный, прежде всего, для интерпретации данных геномного секвенирования. Ресурс представляет собой попытку компьютеризировать все данные молекулярной и клеточной биологии. База данных с структурированной информацией о структурах биомолекул , лекарственных препаратов, уравнения реакций , метаболических путей, генов и функциональной иерархии биологических систем в различных организмах. www.genome.jp

24. MetaCyc Metabolic Pathway Database. Одна из самых крупных баз данных по метаболическим путям, биохимическим реакциям и участвующим в них ферментам, собранных экспертами-биологами из научных публикаций. www.metacyc.org

25. MINT. MINT, the Molecular INTeraction database, база данных молекулярных взаимодействий создана для хранения информации по функциональным взаимодействиям между белками. Кроме бинарных комплексов база содержит данные и по другим типам функциональных взаимодействий, включая ферментативную модификацию одного из членов пары. www.mint.bio.uniroma2.it

26. miRBase. miRBase - это биологическая база данных , которая действует как репозиторий информации о микроРНК последовательностям. www.mirbase.org/

27. NCBI databases. Базы данных the National Center for Biotechnology Information содержат информацию по генетике и биомедицине. www.ncbi.nlm.nih.gov

28. NetPath. База сигнальных путей человека (преимущественно вовлеченных в регуляцию иммунных процессов), построенных на основе ручного анализа 5 500 публикаций. NetPath содержит 36 диаграмм, включающих 2 800 объектов (метаболиты, белки и гены, для которых имеются данные о транскрипционных факторах, регулирующих активность этих генов) и 1 600 реакций между ними. www.netpath.org

29. Pathway Commons. Информационный ресурс, содержащий информацию о биохимических реакциях, образовании белковых комплексов, процессах транспорта и катализа, а также физических взаимодей-ствиях, в которых участвуют белки, ДНК, РНК, их комплексы, а также метаболиты. www.pathwaycommons.org

30. Plants For A Future . База данных растений Plants For A Future (PFAF) (Растения будущего), включающая около 7000 видов растений. www.pfaf.org

31. Protein Information Resource. PIR - база данных по первичным последовательностям и пространственной структуре белков, интегрированный ресурс по биоинформатике, целью которого является поддержка исследований в области геномной, протеомной и системной биологии. www-nbrf.georgetown.edu

32. RCSB Protein Data Bank. Банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. www.rcsb.org

33. REACTOME. База знаний Reactome содержит курируемые экспертами сведения по метаболическим и сигнальным путям, процессам транспорта молекул в клетке, репликации ДНК.. В Reactome накоплены данные о процессах и реакциях 15 видов эукариот и 4 видов прокариот. Наибольшее количество инфор¬мации собрано по человеку и мыши. www.reactome.org

34. REBASE. База данных по ферментам рестрикции. www.rebase.neb.com

35. SDAP - Structural Database of Allergenic Proteins. ВЕБ-сервер, объединяющий базу данных по протеинам-аллергенам, куда входят: имя, источник, последовательность, структура, эпитопы а так же сопутствующие ссылки на такие структурные банки данных, как SwissProt, PIR, NCBI, PDB, с различными биоинформатическими ресурсами, позволяющими изучать структуру и прочие особенности белков-аллергенов. Главным сервером, на котором находится база, является сервер Медицинского Отдела Университета Техаса. www.fermi.utmb.edu/SDAP/

36. SIGNOR. The SIGnaling Network Open Resource, содержит информацию по сигнальным путям трех видов организмов (человек, мышь, крыса), которая внесена в систему на основе ручного анализа научных публикаций. В базе содержатся экспериментально подтвержденные данные о регулятор¬ных взаимодействиях между объектами сигнальных путей: образовании комплексов, активации либо ингибировании активности белков на основе посттранскрипционных модификаций, регуляции транс¬крипции. Диаграммы сигнальных путей интерактивны, их можно просматривать в нескольких режимах. www.signor.uniroma2.it

37. SMPDBREBASE. SMPDB, Small Molecule Pathway Database содержит 618 диаграмм путей регуляции различных процес¬сов человека: метаболических и сигнальных путей; патологических процессов; метаболизма лекарственных веществ и механизмов их действия; сложных биологических процессов на клеточ¬ном и организменном уровне. Диаграммы созданы вручную, на основе аннотации научных публикаций. SMPDB разработан специально для поддержки выяснения и открытия путей в метаболомике , транскриптомике , протеомике и системной биологии. www.uniprot.org

38. SPIKE. База данных содержит данные о сигнальных путях человека. Данные были внесены в базу SPIKE экспертами на основе анализа научных публикаций, а также экстракции и тщательной проверки данных из других ресурсов по генным сетям. www.cs.tau.ac.il/~spike/

39. The UCSC Genome Browser.Геномный браузер UCSC содержит базу последовательностей и рабочие инструменты для большого количества геномов. Браузер позволяет перемещаться по хромосомам, показывая все существующие к ним аннотации. Есть Gene Sorter, который отображает сортируемую таблицу генов, которые каким-либо образом родственны или гомологичны. The Table Browser можно использовать для поиска данных, связанных с запросом, в текстовом формате, для подсчета пересечений между запросами и поиска последовательности ДНК, покрываемой запросом. В нём есть множество дополнительных треков, которые можно подгружать и смотреть на интересующий участок генома и его консервативность, наличие различных функциональных элементов, сравнивать с последовательностями неандертальцев и денисовцев и делать ещё множество вещей. www.genome.ucsc.edu/

40. UniProt. The Universal Protein Resource (UniProt) представляет собой базы данных UniProt Knowledgebase (UniProtKB), the UniProt Reference Clusters (UniRef), and the UniProt Archive (UniParc). Является одним из наиболее всеобъемлющих каталогов информации о белках и их функциях. www.uniprot.org

41. Whole Mouse Catalog. Каталог ресурсов для исследователей, работающих с мышами и крысами (геном, клетка, анатомия и пр.). www.wmc.rodentia.com

42. World Flora Online. Каталог растений, встречающихся в мире. Это международный проект, который будет включать опубликованную информацию о растительном мире, поправки, каталоги, а также данные по малоизученным группам растений и растениям в неисследованных регионах мира. www.worldfloraonline.org

43. World-Wide Virtual Library: Botany. Коллекция ссылок по ботанике. www.ou.edu

44. zoomet.ru. Бесплатная электронная биологическая библиотека. Статьи и книги о птицах, млекопитающих, рептилиях и амфибиях, беспозвоночных и др.Все материалы взяты из открытых источников или присланы посетителями и представлены исключительно в ознакомительных целях. www.zoomet.ru